Στελεχώνεται από 1 παιδίατρο του ΕΣΥ με μετεκπαίδευση στην παιδιατρική Γαστρεντερολογία και περιλαμβάνει 1 θάλαμο στην Κλινική όπου νοσηλεύονται οξέα και χρόνια γαστρεντερολογικά περιστατικά. Επίσης λειτουργεί 1 πρωινό τακτικό εξωτερικό ιατρείο την εβδομάδα και 1 απογευματινό καλύπτοντας τις ανάγκες ολοήμερης εξυπηρέτησης των ασθενών. Επίσης υπάρχει θεσμοθετημένη Ομάδα Θρέψης της Β΄ Παιδιατρικής Κλινικής (Αριθμ. Πρωτ:2942/8-6-2017, ΠΓΝΘ ΑΧΕΠΑ), η οποία παρέχει την δυνατότητα  εντόπισης περιστατικών υποθρεψίας σε συνεργασία με Διαιτολόγο του ΠΓΝΘ ΑΧΕΠΑ. Στην Κλινική παρέχεται η δυνατότητα για έλεγχο του πεπτικού με : Οισοφαγογράφημα, εκτέλεση 24 pH-μετρίας οισοφάγου, δοκιμασίας εκπνεόμενης ουρίας για τον έλεγχο ύπαρξης ελικοβακτηριδίου, διενέργεια ενδοσκοπήσεων πεπτικού με υψηλής ευκρίνειας παιδιατρικό γαστροσκόπιο και κολονοσκόπιο, σε συνεργασία με τους γαστρεντερολόγους ενηλίκων. Οι ενδοσκοπήσεις γίνονται με χορήγηση αναισθησίας σε αίθουσα χειρουργείων,  σύμφωνα με τις προδιαγραφές της Ευρωπαϊκής Γαστρεντερολογικής Εταιρείας (ΕSPGHAN), ώστε να διενεργούνται ενδοσκοπήσεις πεπτικού από νηπιακή ηλικία.