Σκοπός της Β΄ Πανεπιστημιακής Παιδιατρικής Κλινικής του Α.Π.Θ. είναι να προσφέρει τριτοβάθμια περίθαλψη και πρόληψη σε νεογνά, βρέφη και παιδιά με παθήσεις από τα διάφορα συστήματα. Εκτός όμως από το κλινικό έργο παρέχει ερευνητικό και εκπαιδευτικό έργο σε:

φοιτητές Ι΄, ΙΑ΄, ΙΒ΄ εξαμήνων του Τμήματος Ιατρικής της Σχολής Επιστημών Υγείας του Α.Π.Θ., ειδικευόμενους Παιδιατρικής, ειδικευόμενους Γενικής Ιατρικής, ειδικευόμενους Καρδιολογίας (με απόφαση του ΚΕΣΥ (ΦΕΚ236/29-12-1994) χορηγεί τρίμηνη ειδικότητα Παιδοκαρδιολογίας) και Παιδιάτρους συμμετέχοντας στη δια βίου εκπαίδευση.